因为肾囊肿是先天性的，属于良性，不会恶化的，如果说囊肿小于3厘米，并且没有不适症状，则不需治疗，要定期检查观察囊肿的变化。应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至一年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。
一般不用治疗。患者每年定期到正规医院做彩超，监测囊肿发展，一般对肾脏功能不会产生多大的影响。但是如果当囊肿长得足够大的时候，就可能会对正常的肾组织产生挤压作用甚至影响到肾功能。通常可以考虑做穿刺抽液把囊肿里面的液体抽掉，然后注射无水酒精硬化囊肿，达到缩小囊肿的目的。
肾囊肿要多吃五谷杂粮、新鲜蔬菜和水果、牛、羊、猪的瘦肉、禽蛋类、牛奶、鱼虾等均可食用。注意多补充高纤维、高维素食物，不偏食，要忌饮酒，少吃辛辣、油炸食品；忌过甜食；忌盲目进补。
囊肿如果逐渐增大或者引起压迫症状就需要及时手术。有的囊肿自己也是会慢慢萎缩减小的，也是不需要处理的。囊肿只是属于良性的病变的。药物对于囊肿是没有什么治疗作用的。
有可能是因为剧烈运动以后导致肾囊肿破裂。对于后天性的肾囊肿来说，尤其是单个的肾囊肿，它并不影响肾脏的功能。因此，得了肾囊肿以后并不需要特殊的医治，除非囊肿大于五公分产生了压迫症状。