巧克力囊肿可采用中医中药调理治疗，具有清热去湿，活血化瘀，养血补气的功效。腹腔镜手术治疗，应为内异症的首选治疗方法。症状及病变均严重的无生育要求的可行此手术。也可以吃一些西药。
感冒期间不可以吃巧克力，巧克力特别的甜，很容易导致咽喉部不舒服的症状出现，甚至会导致或者加重咽喉炎的情况。感冒本来就是感冒病毒或者细菌。所导致的上呼吸道的感染，包括咽喉部、鼻腔或者气管，都有可能会出现炎症的反应。
如果出现了巧克力过敏，并且出现皮疹。配合使用抗过敏药物治疗，需要多喝水，或者是使用高渗葡萄糖促进代谢，如果症状缓解比较慢，可以使用输液治疗，并且可以配合使用能量合剂。
健康孕妇吃适量巧克力不成问题。
若血糖正常、体重处于理想范围内、早孕反应较重，巧克力就是补充碳水化合物的绝佳食品。怀孕期间如有血糖、血脂异常则忌巧克力。
患者需要注意的是，如果怀孕期间体重增加过快或怀孕前体重增加较多，则宜少吃巧克力。主要是因为巧克力含有大量碳水化合物，对血糖血脂代谢有一定影响，有利于体重增加。
巧克力囊肿比较大了，本身药物治疗效果就不好，现在这么大了，应该更没有什么效果，不愿意手术就服中药，但是最多只能尝试2个月，如果没有效果就尽快手术，久了对卵巢功能破坏更严重，还会引起附件粘连，影响生育。可以做腹腔镜手术，创伤小，恢复快。
