肾囊肿可分为肾脏单纯性肾囊肿，肾脏多发囊肿，多囊肾。其中多囊肾为常染色体显性遗传病，其他两种不是遗传性疾病。目前临床上对于肾囊肿的治疗有肾囊肿穿刺抽液硬化术，腹腔镜肾囊肿去顶术。对于单纯性肾囊肿两种术式均可。肾脏多发囊肿适合行腹腔镜肾囊肿去顶术，这种术式可以将所有囊肿同时处理，手术安全，手术效果好，囊肿复发的几率低。
肾囊肿不能靠吃药治好的，只能靠手术。患者不用担心，手术是可以治好的。双肾囊肿是一个简单的肾囊肿，只要囊肿不超过三厘米，就不需要治疗，但如果超过三厘米，就需要手术以获得更好的疗效。平时注意休息，低盐饮食以清淡食物为主，营养均衡。
多发性肾囊肿并不是一种独立的病，它或属于多囊肾，或属于单纯性肾囊肿。无症状时不需要做任何治疗，但要活期复查，查看囊肿能否持续增大。无症状的患者应常常实行尿液检验，包括尿惯例、尿培育，每半年至少一年实行一次肾功能检验，包括内生肌酐清除率。由于感染是肾囊肿好转的紧要原因，因此若非非常必要，不必实行尿路创伤性检验。肾囊肿的治疗方法较多，穿刺治疗和保守肾囊肿消肿方治疗。
肾脏多发性囊肿，囊肿个数超过两个以上，就可以称之为多发性囊肿。肾囊肿是良性疾病，如果体积比较小，没有明显的症状，对肾实质不造成压迫，不影响肾功能，可以动态观察，定期随访。如果囊肿的个数比较多，而且直径大于六公分以上，对肾实质造成了明显的压迫，就需要积极的处理。肾囊肿的处理，目前有两种方式，一种是在B超引导下做肾脏的囊肿穿刺，适用于囊肿位于肾脏的下极或者中极。另外一种是经腹腔镜肾囊肿去顶减压手术。
多发性宫颈囊肿可以不用进行治疗。宫颈腺囊肿多为宫颈生理性变化，鳞状上皮取代柱状上皮时，新生鳞状上皮覆盖或伸入腺管，堵塞腺管口，造成腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。宫颈腺囊肿的形成是由于子宫颈局部损伤或者是慢性炎症引起的腺管口狭窄。宫颈多发囊肿是不需要治疗的。宫颈囊肿不会影响身体健康，也不会影响怀孕。
一般情况下，多发性肝囊肿的患者可以通过药物治疗、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
多发性肝囊肿的治疗是可以通过保肝护肝的药物来进行，比如护肝片，再到医院做肝功彩超，确定肝脏受损，如果肝囊肿的直径超过5公分，并且有压迫感，则要到医院做肝脏外科手术，或者是微创手术，或者是开放性手术。此外，如果是先天性的肝囊肿，通常不需要进行手术治疗，要定期到医院做检查。
