一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿不一定需要手术，其治疗方案取决于结节是否多发、结节大小、结节边界是否完整、钙化与否等来定。
甲状腺囊性结节大部分由甲状腺结节或腺瘤退行性改变引起。囊肿内亦有血液微混悬液，与周围边界清晰，质地坚硬，一般无压痛，核素扫描为冷结节，少数患者可由先天性甲状腺舌骨囊肿或第四鳃裂残余引起。结节大于1厘米，单发，结节边界不完整，结节内伴泥沙样钙化，须警惕甲状腺癌，可细针穿刺细胞学检查治疗，必要时外科手术治疗。
诊断甲状腺囊肿，检查甲状腺素的水平。如果甲状腺素增高，说明有可能是恶性的肿瘤。如甲状腺素不高等，则无需处理，勤查一查即可。甲状腺囊肿是一种良性疾病，在一般情况下不会引起症状，但是一旦发生，就要注意及时治疗，否则会造成严重后果。如甲状腺素的变化，论证问题比较严重，手术切除治疗势在必行。饮食上注意清淡、多油少盐。
此外，甲状腺囊肿的病人应保持平时的心理状态，乐观和愉快的心态，缓解种种压力。培养良好饮食习惯，食用新鲜水果及海产品。
一般情况下，甲状腺结节是甲状腺组织发现实性结节，有可能是单发或多发包括甲状腺囊肿，怎么治好需要根据具体情况进行判断。
如果囊肿或者结节的体积很小，可以观察或者口服一些消炎药进行治疗，一般就可以逐渐消退，如果囊肿或者结节的体积偏大，囊肿生长迅速和囊内出血出现囊肿压迫症状时，到一定程度就需要进行外科手术了。
甲状腺囊肿不是必须手术。
甲状腺囊肿并不一定非做手术不可，疾病的处理方案以结节有无多发及结节的大小为标准，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。在临床上有一些特殊类型的甲状腺囊性结节应考虑到外科手术切除。甲状腺囊性结节，绝大部分为甲状腺之结节或腺瘤退变所致，囊肿中还含有血液及微混液体，与四周界限明显，纹理坚硬，通常无触痛，核素扫描为冷结节，少数病人为先天甲状腺舌骨囊肿。甲状腺囊性结节治疗需依据结节有无多发及结节尺寸，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。