南瓜子可以生吃，但是多吃不易消化，会排较多肠气。生南瓜子有一定毒性，少量吃可以打虫，吃多会中毒。南瓜子晒干，熬水喝可以有杀虫的功效驱猪肉绦虫，蛔虫都是很有效的。
南瓜子不要生食。生食不但口味不好，而且食用后的保健作用不大。还有已经氧化腐败的南瓜子不要食用，食后容易引起恶心、呕吐、腹痛。胃热病人宜少食，否则会感到脘腹胀闷。
适当的吃是没有问题的，但是吃的量太大，也是会长胖的。南瓜子含有的能量特别多，含有大量的脂肪、蛋白质等成分，适量食用可以补充能量和营养，但是食用过多导致热量堆积，很容易出现发胖的情况。
熟南瓜子可以杀虫止痒、利水渗湿、消肿止痛、通经下乳，对于寄生虫性疾病有很好的改善作用，而且可以加速身体内水分的代谢，能够改善四肢肿胀的现象，而从营养学的角度来讲，南瓜子中的纤维素、维生素、钙离子的含量都比较丰富。
南瓜子油中含有大量不饱和脂肪酸，它能加快人体内脂肪酸代谢，也能抑制人体内过氧化脂质生成，平时经常食用能软化血管净化血液，还能清理血液中的胆固醇与甘油三脂，能让人类的血压与血脂保持稳定正常的状态。南瓜子油还是一种能健脑益智的食用油，这种油中含有丰富的维生素的矿物质还含有一些植物磷脂，被人体吸收以后促进脑细胞再生，也能促进智力发育提高记忆力，能让人类的大脑功能明显提高，也能变得越来越聪明。
吃炒熟的南瓜子能保护前列腺，预防和改善前列腺疾病，还可以促进体内胰岛素的释放，还能提高精子质量，还能增进血液循环，改善血清脂质，清除过氧化物，还有抗衰老、护视力的作用。
