体外碎石的危害是可能导致永久性肾单位损失，并可导致一系列长期的不良反应，主要表现为肾实质损伤及包膜下血肿，肾盂破裂，肾单位永久性损失弥漫性纤维化瘢痕，完全性肾乳头坏死，甚至不可逆的急性肾功能衰竭。
体外碎石的危害主要是会出现肉眼血尿，膀胱刺激症以及肾绞痛等。另外也可能会出现肾包膜下血肿，极少数严重的可能出现肾破裂。甚至会对输尿管造成损伤，有导致肾萎缩的潜在风险。
长期的体外冲击波碎石可能造成输尿管粘连或者肾脏纤维化，造成肾功能损害或者输尿管狭窄、粘连等。同一部位反复碎石有可能造成输尿管损伤或肾脏损伤，患者出现肉眼血尿或者腹痛症状。体外冲击波治疗较大的结石，可能会产生石阶，导致患者输尿管完全梗阻。体外冲击波碎石治疗时可能因随呼吸活动而定位不准。
肾结石，若是直径较小，可以体外碎石，但若是结石较大，则不建议。
肾结石是否可以体外碎石要看具体情况，一般来说，体外碎石的肾结石一般是体积较小的肾结石，梗阻不严重的肾结石可以通过体外碎石来治疗，而且体外碎石需要输尿管没有梗阻性疾病才能起到很好的效果，如果是体积较大的肾结石或者已经出现严重梗阻的肾结石，则不宜进行体外碎石。因为这种病人的体外碎石效果并不是很好，主要是手术治疗，输尿管梗阻性疾病也不适合。
肾体外碎石的危害不大，这种体外碎石对身体肾脏并没有实质性的一个影响，但是这种结石要根据位置和大小的不同才能选择不同的治疗方式，要到泌尿外科或者是结石科室来检查彩超，这样才能做出一个明确的判断，根据结石的位置和大小不同来选择下一步的治疗方式。
