肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。
肾囊肿形成的主要原因是由于泌尿小管上皮出现梗阻，导致原尿在形成的过程当中逐渐潴留而形成肾囊肿。是由于先天性的因素而出现的，不会由于某些病理性因素决定肾囊肿的出现。
肾囊肿的病因目前还不能完全确定，单纯性的肾囊肿，一般是肾小管憩室逐渐发展而来的，并且随着年龄的增长，患单纯性肾囊肿的风险会逐渐增加。左肾囊肿的最大的危害就是发展成恶性囊肿，进而发展为尿毒症。无痛而良性的肾囊肿不需要治疗，但如果囊肿变大、压迫肾脏正常组织，造成肾功能下降，或者如果发现囊肿是恶性的，出现疼痛，往往需要及时治疗。
右肾囊肿起因有的是先天的发育不良造成肾囊肿。还有就是后天形成的。不良的饮食习惯有可能形成肾囊肿。某些毒素的作用也会形成肾囊肿，比如农药或化学药剂等。
胎儿肾囊肿最常见的原因就是遗传症状，有一种病，家族遗传性的肾囊肿，肝囊肿，胎儿就可以在产检时发现有胎儿肾囊肿，另外，胎儿肾囊肿的外界因素也有很多，比如在怀孕期间用的药物或者接触的化学物质环境中有毒物质，这些接触都可以导致胎儿畸形或者胎儿肾囊肿，另外，临界的作用以及个体的敏感性吸收，代谢或者胎盘的运转都会导致肾囊肿的发生。
肾囊肿的发病原因主要大部分都是先天性的原因，机体自身长出来的或者遗传各种因素导致的。也有一些是由于后天的因素所导致的，比如：现在环境不好，接触一些农药，会引起肾脏代谢的毒素水平偏高；用药，饮食不节，吃一些不健康的食物也有一定的影响，会诱发、加重肾囊肿的出现。
