肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。
肾囊肿的发病原因主要大部分的肾囊肿，都是先天性的多见，机体自身出来的比较多，遗传各种因素导致的比较多。也有一些后天的因素所导致的，就是现在环境不好，接触一些农药，会引起肾脏代谢的毒素水平偏高。
右肾囊肿起因有的是先天的发育不良造成肾囊肿。还有就是后天形成的。不良的饮食习惯有可能形成肾囊肿。某些毒素的作用也会形成肾囊肿，比如农药或化学药剂等。
肾部囊肿是在肾脏部位形成的，不与外界相连通的囊性病变。有多种，单纯性囊肿，多囊肾，肾盂囊肿。肾囊肿形成原因有很多，有的人是先天就有肾囊肿，有的则是后天形成的，后天的基因突变，后天的细菌感染都有可能形成肾囊肿。
肾囊肿是常见的一种囊性的肾脏疾病，在60岁以上的老人有50%的发生率。对于单纯性的肾囊肿，不会影响肾功能，也不需要进行特殊的治疗，因为没有任何的药物可以使囊肿消退。
肾囊肿的病因目前还不能完全确定，单纯性的肾囊肿，一般是肾小管憩室逐渐发展而来的，并且随着年龄的增长，患单纯性肾囊肿的风险会逐渐增加。左肾囊肿的最大的危害就是发展成恶性囊肿，进而发展为尿毒症。无痛而良性的肾囊肿不需要治疗，但如果囊肿变大、压迫肾脏正常组织，造成肾功能下降，或者如果发现囊肿是恶性的，出现疼痛，往往需要及时治疗。