肠结核狭窄，腹痛可给予抗胆碱药或其他解痉药。伴有不完全性肠梗阻者，给予胃肠减压以减轻梗阻近端肠管的扩张与潜留。完全性肠梗阻，肠道大量出血经积极内科治疗仍未能满意止血者需要手术治疗。
肠结核是结核病的一个种类，所以有结核的前期性的症状，主要表现为长期的慢性发热，伴有盗汗，经常感到疲倦、消瘦、贫血、营养不良，同时因为肠结核经常是继发于肠外结核，所以也有肠外结核的表现，如肺结核的咳嗽、咳血等。
肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
肠结核可以治疗，肠结核经过正规治疗，会将侵害身体的结核菌杀灭，不再对身体造成伤害，治疗后可能会在局部形成瘢痕。肠结核的治疗目的是消除症状，改善全身情况，促使病灶愈合及防止肠梗阻、肠穿孔等并发症。
腹痛，因病变常累及回盲部，故疼痛最常见于右下腹，触诊时可发现局限性压痛点，增生性肠结核并发肠梗阻时，腹痛主要为绞痛，并伴有肠梗阻的相应症状。腹泻与便秘，腹泻是溃疡型肠结核的主要症状之一。