通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
囊肿比较大的需要手术治疗，做手术的时候必须将包膜完整的切除，否则容易导致复发。手术后需要口服药物或者打针进行消炎，半个月后可以拆线。一定要注意休息，不要劳累，注意合理的饮食。
可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
牙床囊肿应该及时的到牙科医院进行就诊，必要的时候可以服用消炎抗病毒的药物来进行治疗，而且在治疗期间要避免吃上火的食物，饮食方面要注意清淡化。要做到每天的早晚刷牙，定期的去复查。
纳氏囊肿是有可能会癌变的。纳氏囊肿位于宫颈柱状上皮、鳞状上皮交界区。在进行互相转化的过程当中，腺体的腺管发生堵塞，囊内物分泌不出来引起，是宫颈鳞、柱交界区的标志物，同样具有正常的生理功能，但是囊内液分泌不出来，有可能会发生腺体病变，甚至癌变。
