囊肿比较大的需要手术治疗，做手术的时候必须将包膜完整的切除，否则容易导致复发。手术后需要口服药物或者打针进行消炎，半个月后可以拆线。一定要注意休息，不要劳累，注意合理的饮食。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，所以需要打针来消炎，一般至少要打三针。
巧克力囊肿打针有一定的疼痛，要治疗卵巢囊肿还得从改善自身的体质开始。多吃碱性食品，同时补充人体必须的有机营养物质，恢复自身的免疫力。宜多吃具有抗肿瘤作用的食物鳖、龙珠茶、山楂、芝麻。忌烟酒、葱蒜椒等刺激性食物。忌肥腻、油煎、腌制食物。忌羊肉、胡椒等温热动血食物。
卵巢巧克力囊肿手术后一定要打诺雷德针，是抑制卵巢排卵，形成“药物性假绝经”，使月经暂时不来潮，异位到卵巢的内膜组织不会增长及出血，也就不会复发，由于术后的前3个月，比较重要，所以术后打2-3次针，一个月1次，打针过程中月经不会来的，停针后一切会恢复正常的不要有心里负担。
很可能是卵巢巧克力囊肿，因为巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症所引起的囊肿，在临床上具有很高的复发性，所以在术后为了避免复发可以打达菲林进行治疗。一般是用药三个月到半年的时间。
巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，要打针的，还要使用抗生素进行抗炎治疗，防止继发感染，饮食清淡，不要吃辛辣和刺激性的食物，要以容易消化的软食为主，不要熬夜。