直肠盲端距肛门皮肤距离超过2cm，则采取分期手术，先行结肠造瘘，再行肛门成型，最后在行关瘘手术。直肠盲端距肛门皮肤1.5cm以下，可进行一次性肛门成型术。肛门闭锁的患儿没有排便反射，需要术后不断训练，养成良好的排便习惯。
可采用腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，或尾路肛门成形术等，根据闭锁部位的高低选择不同的手术方式。并且术后注意休息避免疲劳避免饮食上吃刺激性的食物，同时这种手术必须要到大型综合性医院进行治疗。
肛门闭锁的发生是正常胚胎发育期发生障碍的结果。目前治疗的方法有很多种，其手术方法有等多种术式，如：Nicolai一Rehbein的改良手术，或Stephens的骶会阴肛门成形术及Pena的后矢状入路肛门成形术等各有其特点，效果也各异。另外肛门闭锁术后护理非常重要。术后最常见的问题是肛门狭窄。伤口愈合会使肛门越来越小，需要进行扩肛治疗。
治疗肛门闭锁的手术费用是1万-3万元。肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，由于原始肛发育异常，未形成肛管，致使直肠与外界不通。孩子肛门闭锁由于分类的不同所以手术的方式也是不同的，相对来说费用也会有差别。
根据类型选择不同的手术方法。如肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。或是腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术等。
