可采用腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，或尾路肛门成形术等，根据闭锁部位的高低选择不同的手术方式。并且术后注意休息避免疲劳避免饮食上吃刺激性的食物，同时这种手术必须要到大型综合性医院进行治疗。
低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。或是会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。可根据类型选择不同的手术方法。
一是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。二是先在腹部作一个人工肛门等小儿长到1～2岁，再作切开腹部或骶尾部的直肠肛门吻合术。术后要注意孩子的营养，孩子外阴的卫生要保证好的，密切观察。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。可采用肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。
先天性肛门闭锁症又称锁肛，无肛门症，该病是先天性疾病.婴儿出生后即肛门，肛管，直肠下端闭锁，外观看不见肛门在何位置。一般根据类型选择不同的手术。如低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。