应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
两种。根据瘘管位置的高低可分为高位肛瘘和低位肛瘘，高位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以上，低位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以下。一旦确诊肛瘘，须尽快手术治疗。
肛管直肠瘘主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常被称为肛瘘。肛瘘按瘘管位置高低可分为低位肛瘘和高位肛瘘；按瘘管与括约肌的关系可分为肛管括约肌间型、经肛管括约肌型、肛管括约肌上型和肛管括约肌外型。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
