甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
通常情况下，甲状腺囊肿不能自己消除。具体分析如下：
甲状腺囊肿是由甲状腺结节囊性变而来，绝大多数为良性。多数甲状腺囊肿本质是结节性甲状腺肿或甲状腺腺瘤，前者最常见，往往多发，经历了增生期、胶质贮存期，最后到结节期。在囊性变之后，就成了所谓的囊肿，不会自行消失，而且还会逐渐增大。甲状腺囊肿病变性质不容易发生変化，少数人可以有囊内出血而迅速增大，但这种变化多可以自止，病变性质无变化，不必过于紧张。
甲状腺囊肿一般不可以自愈。
甲状腺囊肿能不能自行愈合，要看其有没有多发性，结节的尺寸，结节边缘有没有钙化。甲状腺囊肿也就是所谓的囊性结节，它主要是由于甲状腺肿结节或者腺瘤的退行性变性而形成，里面包含着血液或者是微混液体，与周边界限清晰，质地比较坚硬，没有任何压迫感，核素检查提示为冷结节。少部分病例是由先天性的舌骨或第四鳃裂症所引起。对于甲状腺囊性结节，要考虑有没有多发性，有没有肿块，有没有钙化，如果有囊性结节，可以进行定期的检查，一般不会自己消退。
甲状腺囊肿能吃海鲜。甲状腺疾病的种类比较多，甲状腺炎，甲状腺功能减退，单纯性甲状腺肿都可以吃海鲜。尤其是单纯性甲状腺肿，多和缺碘有关，而海鲜属于富含碘的食品，适量多吃点有助于改善病情。
