畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
卵巢癌属于卵巢恶性肿瘤，在早期常无症状。而卵巢癌一旦有不适症状，往往就属于晚期，比如会出现便秘，腹胀，或者自己摸到腹部包块。卵巢囊肿包括卵巢生理性囊肿，卵巢良性病理性囊肿以及卵巢恶性肿瘤。
卵巢囊肿是由卵巢局部的病理改变引起的，目前尚不明确。宫外孕指的是怀孕导致的一种异常现象，即是指妊娠囊在宫腔之外的地方生长、发育。这是两种疾病的根本不同，可以通过血液检测HCG来进行鉴别。宫外孕可以发生在卵巢、输卵管、宫颈部位、腹腔、盆腔内妊娠。一经发现应立即进行处置，否则将产生严重后果。如果是输卵管囊肿破裂或蒂扭转，则要择期手术。
卵巢囊肿和卵泡组织结构和形态是完全不一样的卵泡属于生理排卵，囊肿属于病理性，女性因为工作不能有良好的饮食习惯，或生活习惯不好都是能导致体质过度酸化，人体的身体功会整体的下降，引起肾虚，最后导致卵巢疾病和内分泌失调，使之发展成为卵巢组织增生，导致囊肿的出现，这时就会对排卵造成很大影响。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢内周期性出血形成的，一般没有良恶性之分。但是巧克力囊肿是会有发生破解以及恶变的可能，所以及早发现，尽早治疗。必要时，需通过手术切除治疗。
子宫腺肌病和子宫肌瘤病变所在部位都是子宫肌层，但是形成病变的组织是完全不同的，子宫腺肌病是子宫内膜腺体及间质侵入子宫肌层形成的病变，而子宫肌瘤主要是由子宫平滑肌细胞增生。
