咖啡有很好的提神和缓解情绪的好处，但过量喝咖啡会导致心悸，失眠，血压不稳定，加重心血管病人的血管进一步损伤，所以喝咖啡要适量，患有心血管疾病最好不要喝咖啡。空腹喝咖啡会刺激胃液分泌增加，加重胃溃疡的症状，损伤人体的多种器官，胃肠道粘膜，心血管系统以及影响肝的代谢，甚至导致胆囊结石和胆囊息肉等。
儿童的肝、肾的发育不完全，解毒能力差，使得咖啡因代谢的半衰期会延长。小孩子如果经常喝咖啡的话，可引起烦躁不安、食欲下降、失眠、记忆力降低以及不能专心学习还有可能会造成多动症。
咖啡是一种广泛流行的饮料，常喝咖啡的坏处是对于神经紧张的部分人群容易导致失眠，咖啡属于寒性对肠胃较虚弱的人会导致肠胃不适，平时饮用要适量，不宜过量，提倡早晨饮用，夜晚少喝。
孩子喝咖啡有坏处，孩子喝咖啡会对孩子肾脏造成伤害，咖啡因虽会增加钙质排泄，但并非造成骨质疏松的高危险因素，钙质的摄取不足才是主要原因，因此仍应该注意钙质的充分摄取。
空腹喝咖啡的益处是会增加血液中的肾上腺素水平，能增强人体的体能，咖啡中含有镁和钾，有助于人体使用胰岛素，调节血糖水平，减少对甜食和零食的渴望。空腹喝咖啡的坏处会导致头痛或者全身不适。
咖啡中含有一定的营养成分，可以有效促进人体的新陈代谢，兴奋人体的交感神经，有效缓解疲劳，但是过多饮用咖啡容易出现神经过敏，从而导致手心冒汗、心悸、耳鸣等症状，同时过多饮用咖啡还会导致骨质疏松。