肾囊肿根据囊肿大小确定治疗方法，单纯性肾囊肿如果囊肿较小，是不需要任何治疗的，只需要定期的进行检查观察囊肿大小。若发现有血尿、尿频、持续性发热等典型的症状，要及时到医院检查和治疗。对于囊肿较大，出现的尿路梗阻、血管闭塞，可以用硬化疗法治疗。如果囊肿巨大，需要进行手术治疗。
如果患有肾脏中以后不要随意用药。因为目前还没有最可靠的药物来把肾囊肿消除。但是可以去中医那检查查查用一些药物控制肾囊肿的增长。民天中有一些小偏方可以尝试一下。第一种是用白茅根煮水以后服用，每日一次就可以。另一种方法是用车前子，泽泻每样煮水每天喝一次。但不能以片方为主，还是要随时观察以免肾囊肿长大以后影响肾功能。
肾囊肿通常海绵肾无需进行治疗，多囊肾会演变为尿毒症，无较好的治疗方法。如果出现多发囊肿或普通囊肿，在排除肾癌的前提下，如果囊肿超过5cm，可以进行手术治疗，比如使用腹腔镜进行治疗，不会复发，预后较好，如果囊肿小于5cm，做手术可能会导致出血，不进行手术治疗。
可以做手术进行治疗，肾囊肿是泌尿外科比较常见的疾病之一，其发病原因不十分明确，多为单发，绝大多数属于肾的良性肿瘤。有个别的囊肿内分隔或边缘钙化不除外囊性癌变。
在B超的引导之下穿刺引流，把囊肿的液体吸出来，然后往里面打一种无水酒精，叫做硬化这种方法。用腹腔镜在腰上打上2-3个眼，把这个手术完成，病人基本上没有太大的痛苦，手术恢复也非常快。
肾囊肿的中医治疗方法有采用药物的方法治疗肾囊肿，还经常运用针刺的方法。采用具有清热解毒，活血效果的药物，每次3～4穴，依据证之虚实而采用补泻手法，留针20～30分钟，或用灸法，2组穴位交替进行。
