小三阳可以通过抗病毒治疗，最大限度的长期抑制病毒复制，对部分适合患者尽可能追求临床治愈，也就是转阴。应用干扰素a，干扰素主要通过诱导宿主产生细胞因子起作用，在多个环节抑制病毒复制，达到抗病毒作用。
所谓乙肝小三阳自然转阴，就是指不使用任何药物治疗，依靠感染者自身的免疫功能将乙肝小三阳转阴。不管是乙肝小三阳还是乙肝大三阳转阴的机率都是很小的。当然自然转阴也有可能。不过这样的状况很少见。
乙肝小三阳的转阴主要指的是乙肝病毒定量的转阴。乙肝小三阳病情的进展，发生肝硬化、肝癌的危险因素，主要来自于乙肝病毒的复制。所以乙肝小三阳的转阴，首先应该将病毒定量转为阴性，可以选择口服药物，可以在短期内将病毒转阴，肝功能恢复到正常。
乙肝小三阳转阴是一个非常好的结果，可能是由于机体抵抗力不断增强以后，清除乙肝病毒，而出现乙肝表面抗原或者乙肝病毒DNA成为阴性。但是真正的转阴需要在第一次转阴后，至少连续三个月都要进行一次化验检查，并且要在不同的医院进行化验。如果转阴持续半年至一年仍然是阴性，才是真正转阴。避免出现偶然性转阴以及化验误差。
如果处于肝炎活动期，应该进行积极的治疗，经过抗病毒、保肝、护肝等综合性的治疗，肝功能可以转为正常，病毒转为阴性。目前对于抗病毒治疗的应用，可以很简单的使病毒转为阴性。
