较小的根尖囊肿可以通过根管治疗后定期复查，若有变小，则不需要另行处理；较大的根尖囊肿则需要在根管治疗后，进行根尖手术、囊肿切除术。大的根尖囊肿需要进行手术切除，囊肿部位的牙齿能够保留的尽量保留，不能保留的也需要一并拔除。
如果根管治疗减菌不完全、牙套材质不良，或密合度不佳，都有可能导致牙根里头持续发炎、化脓的牙根间囊肿，如果不及时治疗，通常牙齿內的細菌會慢慢侵蚀，甚至从一颗牙根传染到另一颗牙根。牙根里发炎、化脓，暗藏许多细菌，才会导致疼痛，忽视的結果可能会造成蜂窝性组织炎，严重甚至扩大感染。
牙根尖囊肿要到正规医院拍摄根尖片或者曲面断层片，确定是哪个牙，囊肿有多大，边缘到哪，然后再确定进一步的治疗方案。一般根尖囊肿需要进行手术治疗，如果囊肿比较大，边缘已经达到牙槽突的顶部，牙齿已经出现松动，这时需要拔除根尖囊肿的牙齿，然后把根尖部的囊肿完整摘除。如果囊肿不大，仅限于根尖区，可以先进行根管治疗，然后进行手术切除囊肿和囊肿附着内的根尖部分，再进行根尖的倒根充，这样就可以治愈。
如果是没有任何的症状，可以进行继续观察变化，一旦出现症状或者持续性增长的情况，就需要考虑进行手术治疗，使用药物进行保守治疗一般是没有效果的。多注意休息时间的合理安排。
根尖周炎和根尖囊肿一般需要根管治疗。
根尖周炎有急性根尖周炎和慢性根尖周炎两种类型。慢性根尖周炎又分为根尖周脓肿，根尖周肉芽肿，根尖周囊肿，属于慢性根尖周炎。根尖周炎需要根管治疗，根尖囊肿需要根管治疗，但是根尖周炎单纯根管治疗并不能完全根除囊肿，所以除了跟管治疗之外，还有根尖切除术，根尖周炎还需要切除囊肿。
