肾囊肿治疗的方法有手术治疗和药物治疗。发现肾囊肿就一定要及时地到医院去进行救治。如果不及时治疗的话，是会引起肾积水或者肾癌，在治疗过程中一定要注意增加营养摄入，多饮水，避免受风、受寒等。
可以做手术进行治疗，肾囊肿是泌尿外科比较常见的疾病之一，其发病原因不十分明确，多为单发，绝大多数属于肾的良性肿瘤。有个别的囊肿内分隔或边缘钙化不除外囊性癌变。
肾囊肿根据囊肿大小确定治疗方法，单纯性肾囊肿如果囊肿较小，是不需要任何治疗的，只需要定期的进行检查观察囊肿大小。若发现有血尿、尿频、持续性发热等典型的症状，要及时到医院检查和治疗。对于囊肿较大，出现的尿路梗阻、血管闭塞，可以用硬化疗法治疗。如果囊肿巨大，需要进行手术治疗。
双肾囊肿采用什么样的治疗方法，是取决于囊肿的大小，当囊肿小于五厘米的时候，是不需要治疗的，定期复查就可以，对于5到8厘米的，可以治疗也可以不治疗，这得看患者的情况，但低于八厘米以上的囊肿，建议手术治疗。
肾囊肿的中医治疗方法有采用药物的方法治疗肾囊肿，还经常运用针刺的方法。采用具有清热解毒，活血效果的药物，每次3～4穴，依据证之虚实而采用补泻手法，留针20～30分钟，或用灸法，2组穴位交替进行。
囊肿的治疗方法主要有肾囊肿穿刺硬化术:主要是对于内生性肾囊肿，外凸不明显的，另外对于全身情况较差无法耐受手术治疗的。囊肿穿刺硬化术多在超声或CT引导下进行，穿刺针进入囊腔后抽出淡黄色囊液。
