区别在于出检率，早期唐筛主要是颈后透明带筛查和血液筛查，两者检出唐筛的概率分别为75%和60%，可达到90%的检出率。而中期唐筛主要是血液筛查，包括人绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白等，二联和四连的检出率在60%到70%左右。
唐氏筛查无论是早期和中期筛查都属于比较初步的筛查，准确率都是不高的，只能是筛查出胎儿的唐氏儿的高危性，如果想要确定是不是唐氏儿都需要进一步做羊膜穿刺等检查方法。
早期唐氏筛查是在怀孕十二周进行的，先空腹抽血，一般是检测母体外周血液中甲胎蛋白、游离雌三醇和人绒毛膜促性腺激素的浓度。然后再做B超测量NT，通过这些指标共同推测胎儿所面临的风险。建议孕妇应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
唐氏筛查中期一般是十四到十八周做。
唐氏筛查是针对唐氏综合症的一种早期诊断方法，孕期唐氏筛查的时间通常在14-18周左右。不管是早还是晚，都可能会对检查的准确度产生一定的影响。此外，如果检查结果为低风险，说明唐氏综合症的发病几率比较小，如果唐氏筛查有问题，可以做无创DNA，明确诊断。如果确诊为唐氏综合症，可能需要终止妊娠。
中期唐氏筛查一般是怀孕14-20+6周。
中期唐氏筛查主要是测量孕妇的甲胎蛋白、B人绒毛膜促性腺激素、游离雌三醇和抑制剂的含量，并根据孕妇的年龄、孕周、体重、预产期等情况来确定唐氏妊娠的危险性。其优势在于35周岁以内的妊娠妇女都可以进行筛查，且其假阳检出率低，可降低因穿刺造成的胎儿损失，无外伤，能进行NTD等检查。本品不适合多个胎儿及有妊娠反应的妊娠妇女。
