胎停育的原因如下：内分泌失调；免疫因素，常见的自身免疫疾病为系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病、皮肌炎等；子宫异常；染色体的问题；生殖道感染；环境因素；不良生活习惯如吸烟、酗酒、咖啡、毒品、某些药物等均影响早期胚胎发育。
孕妈妈自身的因素，有的孕妈妈在怀孕之前没有检查身体，身体本身有问题，但是不知道，比如有的孕妈妈甲状腺功能有问题，就会影响到胚胎的质量。黄体功能不全，黄体酮低，也是造成胎停的原因之一。有的孕妈妈工作环境不适合胎儿发育，放射线，有毒化学物质等，都会影响到胎儿的发育。
由于染色体的数目或结构异常所致的胚胎发育不良，是流产常见的原因，这也是一个自然淘汰的过程。导致胎儿染色体异常的原因很多，比如妈妈卵子异常，爸爸精子畸形，有毒化学物质的影响，放射线、高温等都会使胚胎染色体发生异常。
胎停育的主要原因有很多，遗传基因缺陷，全身性疾病，生殖器官异常，内分泌影响还有一些不良习惯，受到了创伤刺激，免疫功能异常和一些环境因素。也有生殖内分泌方面，还有可能就是胎儿的自我淘汰自然选择，因为胎儿本身发育质量可能不好。造成原因也可能是环境的因素，空气污染、射线。
怀妊娠的早期胎停育，病因比较多，遗传因素，遗传基因存在缺陷，常见的有精子或卵子染色体不正常，激素分泌不足难以支持肚子里的胚胎发育而造成死亡，子宫腔畸形使得肚子里的胚胎无法生长，母体因素体质差，黄体功能不全，免疫因素，父方因素精液中有大量细菌生长。
