一般情况下，疱疹性咽峡炎与手足口病区别主要有症状不同、发病部位不同等。
1.疱疹性咽峡炎：主要是由上呼吸道的急性炎症引起的，也可以是单个的，突然的高烧可以达到40度，伴有咽痛、食欲差、不吃东西等症状，在悬雍垂、软腭、咽腭弓区都会出现几个或几十个灰色的小疱疹。另外，也可能是在口腔的其它地方，疱疹破溃就会形成溃疡。
2.手足口病：症状为低热、咽痛、食欲差、口唇上有散在的疱疹和溃疡，手足、手臂、腿、臀部等部位会有皮疹，个别儿童会有严重的全身症状。
疱疹性咽峡炎与手足口病是有一定的区别，主要的原因区别就是，致病的病毒并不是同一种，疱疹性咽峡炎只是累及口腔黏膜，但是手足口病可以累及到手部以及足部，但是都是由于病毒感染导致的，治疗原则基本差不多。虽然疱疹性咽峡炎和手足口病有很大的区别，而且两者的症状严重程度也不是特别相同，但是都是要采取应用抗病毒的药物进行治疗。
疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。
疱疹性咽峡炎和手足口病主要区别在于临床表现不一样。疱疹性咽峡炎主要是肠道病毒感染，临床常表现为高热，口腔咽峡部出现很多疱疹，常伴随有剧烈的咽部疼痛，吞咽困难，进食比较困难，流口水也增多。而手足口病主要发生于夏季，也是由肠道病毒感染所导致，常表现为手、足、臀部等部位的皮疹。
手足口病和疱疹性咽峡炎是两种不同的疾病，但它们都属于儿童常见的病毒性感染。以下是两者的主要区别：
症状不同：手足口病通常表现为手、足、口腔等部位的皮疹或疱疹，而疱疹性咽峡炎主要影响咽喉部，出现溃疡和疼痛。
病因不同：手足口病多由柯萨奇病毒引起，而疱疹性咽峡炎则常由腺病毒或肠道病毒导致。
传播途径类似：两者都通过密切接触、飞沫或被污染物品传播。
治疗方式相似：主要以对症治疗为主，如退烧、补充水分等。
预后情况：大多数患者在一周左右可自愈，但如果出现高热不退等症状应及时就医。
疱疹性咽颊炎只是上呼吸道的感染，而手足口病是一个全身性的传染病，两者的发病部位不同，疱疹性咽颊炎皮疹主要是局限在咽颊部和上颚，手足口病除了口腔里面的皮疹，还会出现手心、脚心等其他部位。
