中医活性物质治疗肾囊肿的关键是，阻断因受囊肿压迫而启动的肾脏纤维化的恶化链，阻断因压迫而导致肾脏缺氧，肾脏损伤的恶性循环，以确保残存肾脏不再受压迫，保护肾功能。
中医可以治疗肾囊肿，对于肾囊肿的症状体积较小的表现可以选择不予处理，必要时可以选择进行手术治疗，平时注意饮食情况，加强营养，多吃一些新鲜的水果和蔬菜，不要过于劳累，按时休息。
中医治疗肾囊肿的方法主要以微化中药渗透疗法，使囊内液体不断减少，直至不分泌。还可以采用囊肿去顶减压手术治疗，手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，延缓疾病的发展。生活中注意不吃过咸，过辣，刺激的食物。
可以通过服用利水渗湿祛湿的药物来治疗，如果肾囊肿比较小是可以起到一定的效果的。中医认为本病多是由于肾精不足、痰瘀阻滞、脉络不畅所致。平时饮食宜清淡，注意防寒保暖，避免过度劳累。
单纯性肾囊肿是囊肿性肾病中常见的一种肾脏的良性病变。单纯性肾囊肿是最常见的肾脏囊性疾病之一，通常多为单侧单发，罕见单侧多发，双侧出现者罕见，此病多发生于成年人。由于其临床症状和体征不典型或缺乏特异性而容易误诊为肾肿瘤或其它疾病，延误诊断与治疗。一般无临床症状，偶尔出现血尿、腹痛等。单纯性肾囊肿可造成泌尿系统损害，但通常不影响肾功能。
肾囊肿的中医治疗方法有采用药物的方法治疗肾囊肿，还经常运用针刺的方法。采用具有清热解毒，活血效果的药物，每次3～4穴，依据证之虚实而采用补泻手法，留针20～30分钟，或用灸法，2组穴位交替进行。
