病毒性脑炎，病毒性脑膜脑炎及病毒性脊髓炎均可与结脑混淆，其中散发的病毒脑炎比流行性者更需加以鉴别。各种病毒性脑膜炎之诊断要点为：常有特定之流行季节。各有其特殊的全身表现，如肠道病毒可伴腹泻、皮疹或心肌炎，脑脊液改变除细胞病毒性脑膜炎细菌数及分类与结脑不易鉴别外，生化改变则不相同。
一般的流感主要有发热、流鼻涕、咽喉肿痛、咳嗽、全身酸痛等。这些患者的临床表现都比较轻微，经过正确的处理后，病情会有所好转。脑膜炎是由双球菌导致的，也有可能是由病毒感染导致的。病毒性脑炎的初期表现类似于流感，但其临床表现比较剧烈，不能很好的抑制住身体的温度，如果是感染了脑神经会引起剧烈的头痛、喷射性呕吐、嗜睡、神经反应阳性，还有可能会导致昏迷等。脑炎、流感、高热、恶心呕吐、食欲不振、浑身无力、头痛等都属于典型的表现。少数的人会有皮疹，不过这种情况比较轻微，一般不会表现出来。
一般的感冒主要有发热、流鼻涕、咽喉肿痛、咳嗽、酸痛等症状。这些临床表现都比较轻微，经过正确的处理后，病情会有所好转。儿童脑炎是由双球菌导致的，也有可能是由病毒感染导致的。病毒性脑炎的初期表现类似于流感，患者不能很好的抑制住身体的温度，如果是感染了脑神经会引起剧烈的头痛、喷射性呕吐、嗜睡、神经反应阳性，还有可能会导致昏迷等。
脑炎的患者的诊断一般来说是需要结合患者的病史、相应的体格检查和辅助检查才可以确诊。
发热、头痛、癫痫发作、肢体的活动障碍、肢体的某些癫痫，尤其是局灶性的癫痫发作、反应迟钝、认知行为异常、共济失调等症状的患者，在发病前可能有感冒、受凉的病史，通过辅助检查可以发现病灶，腰椎穿刺脑脊液检查也能发现相应的抗体阳性和生化异常。脑炎的诊断要结合自身免疫性疾病、局灶性癫痫发作、自身免疫性疾病引起的中枢神经系统的病变、血管性疾病、肢体活动障碍等疾病的鉴别诊断。
脑炎的鉴别诊断主要有以下三个方面：
1、临床表现：头痛、发热、恶心、呕吐、神经功能缺损，神经功能缺损主要表现为意识障碍、言语思维障碍、乱喊乱叫等；
2、体征：精神状况、神经反应、神经反应、神经反应等；
3、辅助检查：脑电图、腰椎穿刺、核磁共振等辅助性检查，可以根据脑脊液检查或其他检查来确诊脑炎的种类，并进行针对性的处理。
病情较轻时，可以通过改变饮食习惯，病情较重时，通过吃药来控制病情，但是用药要分步骤进行。
脑脊液用于检查脑炎，主要是腰椎穿刺。它经常被用来检查脑积液的性质。一般它最适合于髂后脊柱和后中线的连接处。当局部注射麻醉药品被刺穿时会有一点疼痛，但一般病人可以忍受。手术后的病人躺在枕头上休息4-6个小时，以避免手术后引起头痛。