脑炎的患者的诊断一般来说是需要结合患者的病史、相应的体格检查和辅助检查才可以确诊。
发热、头痛、癫痫发作、肢体的活动障碍、肢体的某些癫痫，尤其是局灶性的癫痫发作、反应迟钝、认知行为异常、共济失调等症状的患者，在发病前可能有感冒、受凉的病史，通过辅助检查可以发现病灶，腰椎穿刺脑脊液检查也能发现相应的抗体阳性和生化异常。脑炎的诊断要结合自身免疫性疾病、局灶性癫痫发作、自身免疫性疾病引起的中枢神经系统的病变、血管性疾病、肢体活动障碍等疾病的鉴别诊断。
脑炎的鉴别诊断主要有以下三个方面：
1、临床表现：头痛、发热、恶心、呕吐、神经功能缺损，神经功能缺损主要表现为意识障碍、言语思维障碍、乱喊乱叫等；
2、体征：精神状况、神经反应、神经反应、神经反应等；
3、辅助检查：脑电图、腰椎穿刺、核磁共振等辅助性检查，可以根据脑脊液检查或其他检查来确诊脑炎的种类，并进行针对性的处理。
病情较轻时，可以通过改变饮食习惯，病情较重时，通过吃药来控制病情，但是用药要分步骤进行。
脑炎主要看是什么原因引起的脑炎，但大部分的脑炎几乎都有发热，头痛，神经受损及脑膜刺激征共同的临床表现，然后根据检查结果与表现特征来区分是病毒性脑炎，细菌性脑炎还是结核性脑膜炎。一般脑炎的病人都需要脑脊液的检查。
儿童脑炎早期会出现感冒症状、精神行为异常，婴幼儿则表现为不肯吃奶、头痛，经过的感冒治疗无效后应及时排除脑炎的，脑炎早期症状跟感冒差不多，病人会发热、全身酸痛、食欲差，随着病情发展，会出现嗜睡、兴奋、抽搐神经系统的表现。
各种类型的脑炎，细菌、病毒、支原体、结核分枝杆菌都可以引起脑炎，各种类型脑炎的鉴别，需要依赖儿童的发病年龄、前驱期的感染部位和症状、接触史，比如结核性脑膜炎，他就有开放性的肺结核接触史，也包括临床影像学。它的确诊还是依靠于脑脊液的检查，也就是要穿取一些脑脊液标本进行相关的检验，来达到确诊。
感染症状：如发热、全身不适、肌痛、喉痛，可由数大到数周，而有些病例可突然发热，热程约7天-10天。少数有出血疹。白细胞正常或增加。有精神症状，谵妄、昏迷等意识障碍，抽搐，失语，强握，吸吮反射，偏瘫。腱反射不对称，病理反射阳性等。脑于损害有脑神经麻痹、自主神经系统功能失调。小脑损害有眼球震颤、共济失调、轮替运动不能等。