病毒性脑炎，病毒性脑膜脑炎及病毒性脊髓炎均可与结脑混淆，其中散发的病毒脑炎比流行性者更需加以鉴别。各种病毒性脑膜炎之诊断要点为：常有特定之流行季节。各有其特殊的全身表现，如肠道病毒可伴腹泻、皮疹或心肌炎，脑脊液改变除细胞病毒性脑膜炎细菌数及分类与结脑不易鉴别外，生化改变则不相同。
病毒性脑炎脑脊液检查有什么特点，脑脊液压力增高，外观都比较清亮。脑脊液常规的检查可见细胞数目增多，多为十到五百乘以十的六次方每升。脑脊液免疫学检查，病毒感染之后机体通过免疫系统的反应产生相关的抗体，通过elisa法、免疫应激法和间接免疫荧光等方法可以检测到一些病毒的lgM、lgG抗体，如单纯疱疹病毒、带状疱疹病毒等。
病毒性脑炎和化脓性脑炎在儿童中很常见。当然结核性脑炎不是唯一的。为了诊断这三种脑炎中的任何一种，需要进行脑脊液检查以做出明确的诊断，即腰椎穿刺、脑脊液抽取和检查。对于脑脊液鉴定，患者提到脑脊液鉴别为患者解答如下，如下所示。正常脑脊液体积为90-150毫升。新生儿的颜色为10-60毫升：无色透明的液体。病毒性脑膜炎的脑脊液有点混浊。
脑脊液正常可以再确诊一次。脑炎分好几种，常见的病毒性脑炎，化脓性脑炎，结核性脑炎也不排外，要确诊这三种脑炎任何一种，都要靠脑脊液检查来确诊，就是做腰穿抽取脑脊液后做检查，从而确诊到底是脑炎。
病毒性脑炎是由于病毒侵犯脑室实质引起的炎症。病毒性脑炎早期可表现为发热、头痛等症状；若出现颅内高压，可出现头部的持续胀痛、呕吐等症状；若病毒侵犯脑实质，则可引发精神行为的异常，如烦躁、易激惹、反应迟钝、嗜睡等症状。
脑脊液压升高，外观更清晰。脑脊液常规检查显示细胞增多，多为（10-500）x106/L，多为<；200x106/L，淋巴细胞反应，少数为中性粒细胞。也可见少量红细胞，偶尔可见数千个红细胞（106/L）或黄色变性，提示出血性病变，多见于单纯疱疹病毒性脑炎。脑脊液生化显示蛋白轻度和中度增加，但一般<；1g/L，氯化物和糖正常，每例晚期糖下降，发病后数天内3%—5%的脑脊液生化正常。