一般情况下，腱鞘囊肿的临床表现有局部肿胀、溃破等。
腱鞘囊肿都是由患者自己检查发现的。用手指一碰，就会有一个凸起，这说明是腱鞘囊肿，一般没有任何疼痛的症状，但是也有少数病人会感觉到不适，比如局部肿胀，皮肤膨胀，皮肤变得很厚等。有些部位，就像是手掌上的掌指和手掌上的腱囊，都是比较圆形的，不容易移动，偶尔还会感觉到疼痛。
轻微宫颈囊肿临床表现有白带异常，白带可为黏稠、脓性，偶有血丝，极少数病人可能有宫颈部位的接触性出血。平时应注意卫生，保持外阴清洁，防止病原菌侵入；注意锻炼身体，适当注意营养卫生，保障身心健康；定时进行妇科检查。
直肠肛管周围脓肿常有的症状是：先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅成里急后重等直肠刺激症状。并随之出现全身不适、精神疲惫乏力、体温升高、食欲减退、寒战高热等全身中毒症状。
骨囊肿的临床表现有局部隆起、疼痛等，建议到骨科就诊治疗。
大部分骨囊肿出现在肱骨近端及股骨近端，其临床表现可以为肢体局部隆起，小部分患者会感到疼痛，大多数患者往往因病理性骨折就诊而诊断为骨囊肿。而生长在关节附近的骨囊肿可影响关节活动度，长在跟骨的骨囊肿患者则可能会出现疼痛，步态异常，甚至不能行走，严重影响日常生活。
卵巢囊肿临床表现不包括分泌物的异常等，主要表现就是月经失调或者腹部疼痛的，但是每个女性的表现都是有差异的，所以应该积极安排彩超检查确诊病情后开始做治疗，这段时间多休息。
甲状舌管囊肿是一种先天性疾病。
主要表现为囊肿大小不一，多无明显症状，常在无意或体检中被发现。囊肿呈圆形，表面光滑，边界清晰，不粘附于周围组织和皮肤，无压痛，质地柔软，中等硬度，有囊性，能随吞咽上下移动。触摸囊肿上部可发现索状物，并发感染后囊肿迅速增大，并伴有局部疼痛和压痛的情况，经反复感染囊肿触诊，发现囊肿与周围组织或皮肤有粘连。
