大多数时候病人是感觉不到疼痛的，因为微创巧克力囊肿手术，大多数的时候都是用全身麻醉，手术过程中病人不会感受到疼痛，但是在手术结束后，病人会感受到伤口上的疼痛。在恢复期间，病人可以配合医院的药物，减少疼痛。
会引起局部的疼痛，会压迫到神经引起麻木，也会出现关节活动时的卡顿感。可以通过手术切除囊肿的部位，也可以结合推拿针灸治疗，平时注意适当的活动关节，不要长时间机械性单一性的活动。
阴壁囊肿手术是需要进行麻醉的，所以手术的时候不会太疼，但是手术后有一段时间会疼痛的，需要两周左右的时间，伤口就会恢复的，手术后，注意进行换药处理，要预防伤口感染。
宫颈囊肿是不会疼痛的，宫颈上面没有神经，宫颈囊肿是由于，宫颈上面的线体用于炎症刺激形成的堵塞，可以局部消炎或者是用微创的方式，进行手术，有容易复发的可能性，平时还是要注意一下。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
在医生指导下用一些止痛的药物，还需要定期做好复查。建议在生活方面一定要多喝水，多吃青菜和水果，不要吃生冷辛辣的食物，低脂低钠饮食，三餐要规律，避免暴饮暴食，多做一些户外活动，放松心情规律睡眠，尽量不要熬夜，有情况要及时去医院处理。
