肾结石的形成病因至今尚不清楚，可能与遗传，体质，基因以及病人的生活环境，饮食习惯有关。
理论因为是体内肾盏形成斑块，所以尿中的钙离子、草酸根离子含量过多、过饱和而被吸收到尿中形成草酸钙结晶并粘附于斑块表面。最后因尿液中沉渣结晶、长时间粘附而引起体积不断增大，于是就形成了结石，于肾盏中称肾盏结石、于肾盂中称肾盂结石、合称肾结石、多为肾结石的理化成因。
肾结石多半与自身饮食习惯有关系，如过多食用油腻的食物，过多食用豆类的食物，同时饮水量较少，运动量较少有关系，也是诱发肾结石的原因。有肾结石要清淡饮食，按时休息。
肾结石形成病因较为复杂，多数原因目前尚未明确。最常见的为草酸钙结石，可占结石的70%以上，需进行外科治疗，并及时复查；尿酸结石、胱氨酸结石常与人体代谢密切相关，因此这些结石不仅需要外科治疗，还需更多关注内科治疗，否则无法有效控制代谢异常，可导致结石复发。
导致结石疾病发生的因素有许多，比如一些药物，常见的有口服避孕药，雌激素等，还有长期不吃早餐，饮食不当，喜欢甜食，爱静不爱动，或者一些炎症疾病等都会引起结石疾病的发生。有了结石也不用紧张，一般小的结石只要保持良好的生活习惯，多饮水就可以排出体外。
肾结石形成的原因可能是外界因素，包括自然环境和社会环境，还有可能是个体因素，包括种族、遗传因素、饮食习惯、代谢性疾病和药物，再有可能就是泌尿系统因素，包括肾损伤、泌尿系统梗阻、泌尿道感染或者异物，都会导致肾结石的形成，避免摄入太多的维生素C、海鲜、动物内脏等食物。
肾结石一般是由尿液中的物质在肾脏中积累形成的。
肾结石有一定的病因，例如输尿管狭窄阻塞性阻塞等。有的患者会患上某些基本的病症，比如说患有痛风的患者会出现肾结石，而甲状旁腺机能亢进的患者也会出现肾结石。还有的患者由于日常生活中的不良生活方式和饮食方面的原因，比如经常饮用少量的饮水的患者会出现肾脏结石。另外，在日常生活中，如果经常吃含有结石的食品，很有可能会引起肾结石。
