肾结石形成病因较为复杂，多数原因目前尚未明确。最常见的为草酸钙结石，可占结石的70%以上，需进行外科治疗，并及时复查；尿酸结石、胱氨酸结石常与人体代谢密切相关，因此这些结石不仅需要外科治疗，还需更多关注内科治疗，否则无法有效控制代谢异常，可导致结石复发。
一般情况下，影响结石形成的因素有很多，年龄、性别、种族、遗传、环境、饮食习惯、职业等因素，以及代谢异常、尿路梗阻感染、异物、药物等因素都会导致结石形成。重视并解决这些问题，可以减少结石的形成和复发。还有就是形成尿结石的物质，比如痛风患者尿酸排出增多，就会形成尿酸结石。尿量减少会增加盐、有机物质浓度，也容易形成结石。
肾结石多半与自身饮食习惯有关系，如过多食用油腻的食物，过多食用豆类的食物，同时饮水量较少，运动量较少有关系，也是诱发肾结石的原因。有肾结石要清淡饮食，按时休息。
肾结石形成的原因可能是外界因素，包括自然环境和社会环境，还有可能是个体因素，包括种族、遗传因素、饮食习惯、代谢性疾病和药物，再有可能就是泌尿系统因素，包括肾损伤、泌尿系统梗阻、泌尿道感染或者异物，都会导致肾结石的形成，避免摄入太多的维生素C、海鲜、动物内脏等食物。
肾结石的形成病因至今尚不清楚，可能与遗传，体质，基因以及病人的生活环境，饮食习惯有关。
理论因为是体内肾盏形成斑块，所以尿中的钙离子、草酸根离子含量过多、过饱和而被吸收到尿中形成草酸钙结晶并粘附于斑块表面。最后因尿液中沉渣结晶、长时间粘附而引起体积不断增大，于是就形成了结石，于肾盏中称肾盏结石、于肾盂中称肾盂结石、合称肾结石、多为肾结石的理化成因。