巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。
如果卵巢巧克力囊肿较大，会导致子宫压力，影响子宫生长，导致孕妇流产或早产现象。容易难产：过度囊肿，压迫子宫和胎儿，导致胎儿畸形，影响正常分娩，分娩困难。囊肿本身不影响胎儿，但如囊肿引起并发症，或恶性肿瘤的发生，所以在对胎儿的治疗中有影响，甚至不得不放弃妊娠。
巧克力囊肿需要大约半个月的时间来恢复怀孕前的身体，并且疾病会在怀孕后恢复正常。手术后准备的妊娠越早，妊娠的可能性就越高。经过一段时间后，疾病复发了。此外，这种疾病的复发率很高。随着时间的推移，怀孕的能力会逐渐下降，手术后是最容易的时期。
巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢而形成的，一般怀孕是有困难的，现在已经怀孕，如果可以，还是留下比较好。但是如果本身囊肿较大，孕期也有可能会因为受到压迫而发生扭转、破裂甚至恶变，要按时检测彩超和终究标志物。
带着巧克力囊肿怀孕应该注意安全，已经怀孕的情况可能会出现腹痛等不适的情况多，应该注意安全，如果怀孕期间出现囊肿破裂等风险是比较大的，注意计算预产期等，不影响孩子的发育的。