巧克力囊肿在临床上最主要的症状会出现经期下腹部疼痛，并且疼痛呈逐渐加重的趋势，表现为月经不规律、月经量的改变。临床上还会出现反复的下腹部疼痛。由于巧克力囊肿不仅可以引起卵巢局部的变化，还可能会导致盆腔组织粘连，会引起下腹部疼痛，这种疼痛常常是在月经期或者性生活的时候疼痛加重，对于卵巢巧克力囊肿，临床上一旦发现建议尽快给予手术治疗。
巧克力囊肿彩超有子宫脱落不良的特征，巧克力囊肿会出现小腹肿胀，浑身无力，精神不佳，食欲不振等特征，有可能是遗传引起的一种疾病，当外界因素不良的时候也会引起巧克力囊肿，日常生活中要少去一些潮湿阴冷的环境活动，少去一些有化学物的环境活动。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿做B超可以检查出来，但是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊巧克力囊肿如果已经确诊了，而且直径超过了3cm，就要考虑是否采取手术了，因为保守治疗已经不能治疗好了，甚至还会导致了囊肿的破裂，还是采取手术方法更好的促进卵巢组织健康。
巧克力囊肿彩超会有子宫脱落不良的特征，巧克力囊肿会出现小腹肿胀，浑身无力，精神不佳，食欲不振等特征，在日常生活中要少去一些潮湿阴冷的环境活动，尽量不要去有化学物的环境活动。
巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。病人应坚持随访并争取尽早怀孕，对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
