亚急性甲状腺炎的治疗方法主要是对症治疗。
急性甲状腺炎是一种自身局限性疾病，主要表现为发热、甲状腺痛，经过一定的病程病情逐渐自行缓解。患者需要充分休息，如甲状腺痛明显可给予非甾体抗炎药止痛。如果发热体温在38以上，可以给予退烧药。发热、甲状腺痛症状严重，患者无法耐受，可接受糖皮质激素治疗。使用糖皮质激素可以迅速缓解症状，减轻亚甲蓝症状。但糖皮质激素有一定的不良反应，激素在早期停药后病情反复，必须谨慎使用糖皮质激素。
急性甲状腺炎穿刺后是需要验血的。安全的穿刺多可以明确，目前甲状腺炎是哪一种导致的，及时进行血液的检查进一步的了解目前甲功情况，可以用来判断是甲亢期还是甲减期，再进行针对性治疗。
亚急性甲状腺炎应该先注意做个甲功七项检查，血常规检查和甲状腺彩超检查来判断。如果是病毒感染所致需要服用抗病毒药物来进行治疗。如果是自身免疫性甲状腺炎，要考虑用糖激素药物来进行治疗。
亚急性甲状腺炎一般六个月到十二个月能好。
亚急性甲状腺炎病人可在数月左右痊愈，由于亚急性甲状腺炎具有自限性，就算不针对甲状腺的相关症状进行治疗，病人还可在一段时间内自愈。因此，对亚急性甲状腺炎病人可在六个月到十二个月左右好转，但并非每个人都能在这段时间内把疾病治好，有的病人比这更长，有的病人就是比这短，但不管如何处理，亚急性甲状腺炎终于可以根治了，仅有少部分有可能遗留甲减。
亚急性甲状腺炎治疗方法应结合患者的具体情况而定，并且患者病情存在个体化的状况，并非所有病人所呈现之症状均一致。
要选择合适的药物来进行辅助治疗，这样才能更好地提高疗效，减少不良反应的发生几率。许多病人就是反应不一样，例如，有些病人颈部疼痛非常明显，部分病人颈部疼痛较轻，但当颈部疼痛显著时或较轻颈部疼痛时均需优先选用非甾体抗炎药进行止疼、消炎治疗，只有当非甾体类抗炎药不能控制病人颈部疼痛的情况时，才能考虑适当增加激素治疗。
亚急性甲状腺炎症通常可以自愈。
亚甲炎是由于病毒感染所致的甲状腺炎症，临床上没有特别的治疗措施。远期预后良好，复发率极低，每年约2%的复发率。此外，亚急性甲状腺炎是一种自限性疾病，多数患者通常是可以自行痊愈的，但是在某些地方出现的肿胀和不适症状会持续几个月或更久。在康复过程中，需要对病人进行心理治疗，还要保证病人的情绪稳定，并建立起战胜疾病的信心。
