胎儿肾囊肿会发生囊内出血或感染，肾囊肿会引起腰腹疼痛不适等症状。有的肾囊肿还会压迫输尿管或肾盏，引起感染和积水，导致腰痛、尿路感染、发烧、寒颤等症状。这会影响肾脏功能，严重的还会导致尿毒症的发生。
可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染。
肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
肾囊肿的病因目前还不能完全确定，单纯性的肾囊肿，一般是肾小管憩室逐渐发展而来的，并且随着年龄的增长，患单纯性肾囊肿的风险会逐渐增加。左肾囊肿的最大的危害就是发展成恶性囊肿，进而发展为尿毒症。无痛而良性的肾囊肿不需要治疗，但如果囊肿变大、压迫肾脏正常组织，造成肾功能下降，或者如果发现囊肿是恶性的，出现疼痛，往往需要及时治疗。
有可能会出现腰、腹不适或疼痛，肾脏因多囊含水量大，变得沉重，下坠牵拉，也会引起腰部疼痛。症状有疼痛，为隐痛，钝痛，固定于一侧或两侧，向下部及腰背部放射，血尿，可表现为镜下血尿或肉眼血尿。腹部肿块，有时为病人就诊的主要原因，60%—80%可触及肿大的肾脏。肾脏愈大，肾功能愈差。
