目前自身免疫性脑炎可以通过糖皮质激素、免疫球蛋白等药物来进行治疗，如果有癫痫发作、精神症状等并发症，需要对症支持治疗，同时还需要进行抗肿瘤治疗。
对于合并的疾病，比如癫痫的治疗可以采用抗癫痫药物治疗。
1.糖皮质激素：常规应用糖皮质激素冲击疗法，甲泼尼龙静点后改为口服，逐步减少剂量；如果是轻度的，可以选择服用口服激素，而不是冲击治疗，一般是6个月，期间要观察脑炎的活动情况，同时还要考虑到病情的变化和复发。
2.免疫球蛋白：作为自身免疫性脑炎的第一线免疫疗法，可以提高病人的抗感染、免疫调节功能，如果病情较重，可以配合激素，2~4周反复注射静脉免疫球蛋白，可以反复或多次注射。
3.血浆置换：可以和激素结合，但如果静脉注射了免疫球蛋白，则不能马上进行血浆交换，否则血浆交换很难影响鞘内自身抗体的合成，如果是脑脊液抗体为阳性，血清抗体为阴性，则需要进一步验证。
4.利妥昔单抗：在外周血CD细胞被清除之前，应视外周血CD阳性B细胞水平而定。国外有50%以上的抗N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎。在我国，此药是一种超范围使用的药物，患者要遵守患者的知情同意和药事流程，同时要考虑到患者的感染风险和副作用。
5.环磷酰胺：这是一种二线药物，主要用于对一线药物不敏感的患者，在症状消失后停止使用。
6.吗替麦考酚酯：主要是针对复发病人，对于一线免疫治疗无效的自身免疫性脑炎，对肿瘤阴性的严重的N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎的病人。
出现自身免疫性溶血性贫血，应及时用药对症治疗，轻症通过口服药物就会逐渐恢复，严重的需要采取化学治疗的，放松心情避免接触刺激性的化学物质，还应该定期检查肝脏功能。饮食上需要清淡一些。
自身免疫性肝病检查有肝功能，血常规，免疫球蛋白等。
如果是自身免疫性肝病，则需要进行一项自身免疫的抗体，如抗核抗体，抗线粒体抗体，抗肝细胞抗原，这些抗体可以作为诊断自身免疫性肝炎，自身免疫性的肝硬化的一种抗体，所以我们在自身免疫性肝脏疾病中，需要进行常规的生化影像学检查，同时也要进行一些特殊的自免疫性抗体的检测。
自身免疫性肝炎的化验检查，包括以下检查：
1、行肝功能的检查：发病的初期患者谷丙转氨酶和谷草转氨酶可以轻到中度的升高，异常升高的时候，常常提示急性肝炎或者其它的疾病，碱性磷酸酶迅速增高，表明可重叠原发性、胆汁性肝硬化或并发肝癌。
2、免疫学方面指标：病人可有各种自身抗体阳性表现，主要有抗核抗体、抗平滑肌抗体、抗中性粒细胞胞质抗体等。
3、组织学变化：典型组织学变化为肝汇管区有大量淋巴细胞及浆细胞浸润、侵犯周围肝实质而形成界面性肝炎，中、晚期可见到肝纤维化和肝硬化。
本身免疫性肝脏疾病的分类并没有什么实际的指导作用。
在医学上，一般都是分为三型，在中国，在2015版的一份关于自身免疫性肝炎的专家会议上，也有关于自身免疫性肝炎的讨论，这是一种由自身免疫的病毒引起的，可以按照自身的抗体来划分。一种自体免疫性肝炎，通常是由抗核抗体、线粒体抗体、抗平滑肌抗体、可溶性肝抗体、甚至是其它抗体呈阴性。
自身免疫性脑炎治疗包括免疫治疗、对癫痫发作和精神症状的症状治疗、支持治疗、康复治疗。合并肿瘤者进行切除肿瘤等抗肿瘤治疗。免疫治疗分为一线免疫治疗、二线免疫治疗和长程免疫治疗。抗NMDAR脑炎者一经发现卵巢畸胎瘤，应尽快手术切除。
