婴幼儿的免疫系统还未发育完全，体内的病毒含量较高，若不进行抗逆转录病毒疗法，其发展速度会快于成人。新生儿艾滋病的治疗要克服自己的吃药问题，选用适宜于婴幼儿的剂型，比如口服剂型，可以在制剂室内配制，用葡萄糖液、蒸馏水稀释后，按照规定的用量服下。
在使用抗病毒药物后，要注意观察身高、体重、头围等，以反映自身的生长状况，并适当的调整用药。要定期进行血常规、肝肾功能的检测，以了解药物的副作用，如果出现不耐受的情况，应立即进行替换。
由于婴幼儿的免疫系统尚未发育，感染后病毒载量较高，病毒在高水平的复制停留期较长，因此，感染后患儿病情进展较快，出现机会性感染的几率较高。因此要对婴儿进行逆转录病毒的治疗。首先要确定适合小儿的用药，可以选用较小的药片或口服液，便于小儿吞咽，并在不影响药效的情况下添加少量的其它食品来提高药品的口味。可以选择小儿治疗，可以选择齐多夫定+拉米夫定+奈韦拉平，同时要注意控制体重。
一般情况下，儿童反复高烧可以采取以下办法缓解。具体分析如下：
对于反复发烧的孩子，一定要找出原因，确定致病菌后及时进行正确的消炎处理。如果出现了病毒感染，可以服用一些病毒性的药物，例如服用儿感退热宁口服液、蓝芩口服液等。如确诊为细菌性炎症，可用青霉素或头孢进行处理。如果是因为支原体的原因，可以使用阿奇霉素和红霉素进行消炎。除了抗炎之外，还有一些不属于炎症的病症，如果出现发热，可以口服一些药物，例如激素、人丙种球蛋白等。
一般情况下，小孩艾滋病皮疹应针对病因进行相应的处理，具体分析如下：
初期的窗口期皮疹主要是对症观察，可以选用炉甘石、丹皮酚等对症进行对症处理，一般是因为多种细菌感染导致的皮疹，一般采用抗真菌、抗细菌的克霉唑、莫匹沙星软膏等抗真菌、抗细菌的药物，在处理皮疹的时候要尽量不要搔痒，防止出现局部溃烂，形成难看的斑点，还可以服用转移因子胶囊来增强自身免疫力。
艾滋病可以通过抗病毒药物来治疗。在治疗过程中，通常还会监测HIV病毒载量和CD4+T淋巴细胞数，通过这两个指标可以了解病毒控制的程度、以及免疫系统受损程度和治疗效果。
小儿如果出现体温持续在39摄氏度以上而不退热，在没做血常规检查的考虑有病毒感染或者是病毒细菌感染。家长在给孩子使用退热药的同时，需要配合使用抗病毒药物和消炎药，因为退热药只是针对发热症状，治标不治本。最安全有效的方法是家长尽快待孩子到医院就诊，查血常规等相关辅助检查，根据检查结果尽快对症用药治疗。
