输尿管结石的外科手术包括经尿道的输尿管镜碎石取石术以及腹腔镜或开放的输尿管切开取石术。输尿管中下段的结石，可选择经尿道输尿管镜手术；输尿管上段的结石，可选择输尿管软镜手术；若微创腔内技术无法处理的输尿管结石，则选择腹腔镜或开放的输尿管切开取石。无论哪类外科手术治疗输尿管结石，治疗效果均较好。
输尿管结石，做输尿管镜钬激光碎石后，体内会留置支架管，一般留置支架管两到四周后可以取出，取支架管，首先应该在打麻醉下进行，可以采用局部麻醉，也可以采用静脉复合麻醉，如果疼痛耐受性低，建议做静脉复合麻醉，首先麻醉满意后进行消毒，然后通过尿道放入膀胱镜，膀胱镜下找到输尿管支架，然后用异物钳将输尿管支架通过膀胱夹出体外。
输尿管镜取石术发生并发症，穿破输尿管或者造成狭窄。结石直径超过1厘米或者是表面粗糙呈多角形正。结石嵌顿过久输尿管发生严重的梗阻及上尿路感染。需要开放手术取石。
输尿管结石的治疗是要同时去除结石和保护肾脏的功能。去除结石都会遵循从无创到微创的原则。体外碎石创伤非常小、没有刀口、不用住院，碎石后即可回家，且费用较低、患者痛苦较少，所以输尿管结石做体外碎石优势非常明显，是结石有创治疗的首选。
输尿管结石手术后，导流管在手术后一周就可以拔除，在患者的输尿管内也会放一个双接管，管需要患者出院带回家，一般在术后一个月，再到医院进行拔除。回家以后，体内有双接管，患者要少活动、勤排尿，避免双接管摩擦膀胱内壁引起疼痛和血尿。