会有不舒服的感觉。肠镜是一支细长可弯曲的医学仪器，直径大约1厘米，结肠镜通过肛门进入直肠，直到大肠，可让医生观察到结肠和大肠的内部情况。结肠镜检查是医生用来检查大肠及结肠内部病变的一种诊断方式。
一般来说，胃镜要稍微比肠镜痛苦一点，具体分析如下：
肠镜和胃镜检查在临床上很普遍，并且随着医疗手段的改进，这两项检查基本都不会非常难受，通常胃镜要稍微比肠镜痛苦一点。建议患者前往正规医院进行胃镜和肠镜，以免导致检查结果出现偏差。如果患者出现不适症状，建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
一般情况下，做胃镜会比较痛苦一些，具体内容如下：
如果患者需要明确消化道的状况，可以选择进行胃镜、肠镜等检查，从而对消化道直接进行观察。其中，由于胃镜是经咽喉进入患者体内的，其不适程度可能会较高。因此，做胃镜会比较痛苦一些。如果患者需要做胃镜，咽喉可能会受到刺激，出现恶心、呕吐等不适症状。在做肠镜时，导管通过肛门直肠进入患者体内，患者可能会有牵拉痛，但这种疼痛症状通常是可以忍受的。
做肠镜还是有痛苦的，一般人是可以耐受的，但是还要因人而异。因为有些人乙状结肠比较长，乙状结肠是腹腔内位器官，是游离的，所以当肠镜往前插入通过这段肠管的时候，肠管来回活动就会通过比较困难，肠镜反复伸拉可能就会导致非常痛苦。
肠镜检查不舒服，但是可以坚持下来的。通过安装于肠镜前端的电子摄像镜头将结肠粘膜的图像传输于计算机处理中心，然后显示于监视器屏幕上，通过显示屏幕可清楚观察到大肠粘膜的细微变化如炎症、糜烂、溃疡、出血、色素沉着、息肉、癌症、血管瘤、憩室、粘膜下病变等。还可以通过肠镜的器械通道送入活检钳取出米粒大小的组织，病理切片进行检查，以判断病灶的性质，也可进行镜下息肉治疗、止血、病灶标志物定位、特殊染色处理等。