低位肛瘘是常见的肛周疾病，主要的治疗是手术治疗的，如果是不及时的治疗可致肛周反复的感染，甚至肿大胀痛及瘢痕化给后期的治疗有一定的困难，手术治疗后是看每个人发病史及病情严重程度及手术技术方式等而定。要一个月-两个月能好。
非手术治疗：包括热水坐浴、通便、理疗，有急性炎症可菌培养后应用抗生素。非手术疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能彻底。手术治疗：挂线疗法或手术切除。肛瘘都有内口，切开或切除内口是肛瘘的关键。明确内口，加以处理，才能治肛瘘。避免复发。
低位肛瘘手术恢复需要一个月左右，因为肛门这个位置每天需要有大便排出，而且位置容易感染，所以恢复比较慢。需要有耐心，要保持大便通畅，软而不硬，才有利于术后恢复。平时以流质软食为主。术后养成定时排便的好习惯，比如每天早起饮用一杯温开水，然后去等5-10分钟厕所，这样坚持可以养成定时排便的好习惯。
应该是注意休息一周的时间的。去医院复查，排除创面感染，假性愈合，水肿等情况后，建议可以每天用热的淡盐水肛门坐浴熏洗10分钟，来预防感染的发生及促进创面的愈合，保持大便通畅，不要干燥和腹泻，禁止吃一些辛辣刺激的，酒，海鲜类的食物。
低位肛瘘属于肛瘘中治疗难度相对较低、愈合相对较快，远期治疗效果相对较佳的一种，大多需要在麻醉下行肛瘘切除术，术后需要遵医嘱定期复诊，伤口换药，使用抗菌药物治疗促进愈合。术后两周左右即可恢复。要注意肛门口卫生，便后及时清洗患处，避免吃辛辣刺激性食物。
低位肛瘘，往往是位于肛管直肠环平面以下的那个肛瘘，对肛门括约肌的影响会比较小，相对比较简单。手术以后只要通过规范的换药，保持肛门部的清洁和用药，一般两到三周可以恢复。