复杂性肛瘘在肛肠科中是属于大手术的，由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。肿痛：一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。
肛肠科的疾病手术后，都是非常疼的，尤其是在换药的时候，疼痛比较剧烈的，疼痛也是与个体耐受力有关系的。术后注意避免久坐，定时换药。保持个人清洁卫生，养成定时排便的好习惯。
采用传统的和微创的，现在一般采用微创手术，这种方式恢复快、无痛、手术时间短，不麻烦。避免辛辣刺激性食物，不要饮酒，不要吃凉食，多吃蔬菜水果，多吃含高纤维食物，避免久蹲久坐。
低位的肛瘘手术分为很多种。低位复杂性肛瘘手术是要采用剖开伤口，让伤口直接露出后，再进行清洗和上药的治疗。还可以采用手术完全切除的方法来进行治疗。但是这种的肛瘘要离肛门比较近，这样才容易进行手术治疗。
低位肛瘘手术可以门诊手术，术后7到10天左右可以恢复。术后恢复多久还要看伤口和采用手术的方法，饮食要多喝水，多吃水果蔬菜，香蕉，苹果，猕猴桃，火龙果，芹菜，菠菜，木耳，蘑菇，冬瓜等，少吃辛辣，海鲜，辣椒，牛羊肉等。排便时间不宜过长控制在3到5分钟即可，平时不宜久蹲久站久坐，排便后有温水清洗肛门。
低位肛瘘手术恢复需要一个月左右，因为肛门这个位置每天需要有大便排出，而且位置容易感染，所以恢复比较慢。需要有耐心，要保持大便通畅，软而不硬，才有利于术后恢复。平时以流质软食为主。术后养成定时排便的好习惯，比如每天早起饮用一杯温开水，然后去等5-10分钟厕所，这样坚持可以养成定时排便的好习惯。