肛瘘治疗原则，非手术治疗，包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能治好。手术治疗（挂线或切除）。
肛裂合并有肛瘘，大多与不良的生活饮食习惯和便秘有关。要生活规律，清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，戒除烟酒，多做提肛运动。可以采用溶液坐浴，使用药膏治疗肛裂。如果病程较长，到正规医院检查，采取手术的方法治疗肛裂和肛瘘。
大多与不良的生活饮食习惯和便秘有关。要生活规律，清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，戒除烟酒，多做提肛运动。可以采用温水坐浴，使用肛裂膏治疗肛裂。如果病程较长，就应该尽早到正规医院检查，采取手术的方法治疗肛裂和肛瘘。
肛瘘病发时会出现脓肿，是不能够自愈的，是必须通过手术进行引流治疗。肛瘘的手术治疗要根据病人肛瘘的位置和内扣的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来决定。瘘管切开术：适用于低位肛瘘，将瘘管全部切开引流，此手术会对外括约肌皮下部和浅部造成损伤，但术后肛门不会出现失禁。
宝宝肛瘘痒疼需要用中药洗液缓解。日常注意宝宝的个人卫生，勤洗澡勤换内裤，温水坐浴。平时不能吃辛辣刺激性食物。需要注意有湿疹或者蛲虫感染引起的肛门搔痒症，瘙痒严重可以使用药物。
