使用广谱的抗生素进行抗炎治疗。局部进行温水坐浴，也可以用药物坐浴，然后配合局部的理疗。肛瘘伴急性感染出现的疼痛，没有特殊有效的办法，可以适当吃止痛的药物。
可以能服用消炎药和止痛药，外用一些药膏涂抹，不行就去打吊瓶消炎，这些方法只能暂时缓解症状，但还是尽快手术治疗。可以选择微创无痛手术的，痛苦小，一般不用住院的。恢复也较快。
肛瘘多采用挂线法，术后应定期收紧。这主要是为了保持橡皮筋起到慢性割伤的作用会出现疼痛症状。操作一个月后，橡皮筋会基本脱落。然而，如果有些病人肛瘘位置太高，时间可能会更长。
肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
宝宝肛瘘痒疼需要用中药洗液缓解。日常注意宝宝的个人卫生，勤洗澡勤换内裤，温水坐浴。平时不能吃辛辣刺激性食物。需要注意有湿疹或者蛲虫感染引起的肛门搔痒症，瘙痒严重可以使用药物。
