肛瘘不能自愈，必须手术治疗，手术方式很多，具体术式应根据内口位置高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择，具体有瘘管切开、挂线疗法和肛瘘切除术等。通常肛瘘手术后住院观察2~3天，只要首次排便后没有活动性出血或者其他特殊情况就可以出院了，出院后做好手术后的家庭护理就可以。
肛瘘一定要通过手术治疗，而且越早越好。不手术治疗肛瘘效果不稳定，如过食辛辣厚味，或受凉腹泻，或劳作太过等，局部的炎症就可复发，感染化脓。当闭合口较坚固时，可在原口处重新流脓，如此反复不愈。若闭合口道，如此反复，瘘管就会逐渐增多。
患了肛瘘必须要手术治疗，手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
肛周脓肿是导致肛瘘的主要因素之一。由于粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛周脓肿，病人常不予以重视，肛周脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，即成瘘管，肛瘘由此形成。可以去专业正规的医院接受检查和治疗。平时注意饮食调节，加强锻炼，合理饮食，多食蔬果，豆类，少含辛辣刺激性食物，定时排便，忌蹲便过久，保持肛周清洁。
急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。肛瘘的治疗以手术为主。在治疗肛瘘领域中开展新一代微创技术。HCPT微创无痛技术融入了高新技术，HCPT微创无痛术治疗系统的最大特点，就是手术病人不出血、痛苦小。避免后遗症和并发症，杜绝复发。
肛瘘的方法主要是以手术为主，肛瘘属于肛门局部肛管内感染，一般会有明确的瘘管以及内口和外口，长期反复发作会有外口不间断的有分泌物或者脓血流出，会刺激肛门局部皮肤，形成瘙痒或者刺痛。而保守用药治疗只能缓解局部的炎症和疼痛的症状，并不能将局部的感染灶彻底清除干净。