急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。肛瘘的治疗以手术为主。在治疗肛瘘领域中开展新一代微创技术。HCPT微创无痛技术融入了高新技术，HCPT微创无痛术治疗系统的最大特点，就是手术病人不出血、痛苦小。避免后遗症和并发症，杜绝复发。
肛瘘分低位复杂和低位简单，或者高位复杂高位简单，最新治疗方法就是用肛瘘镜进行肛瘘的手术，在肛瘘镜的指示下可以看到管道的走向，把管道通过电的凝固把肛瘘的内壁给凝固掉，内口切除缝合。还有肛瘘栓，就是肛瘘先经过冲洗然后再填充，这样创伤小，肛门术后功能会更好，不会影响生活。
可以使用邦纳特肛肠智能修复系统通过计算机可控程序，采用高效能数字智能分辨技术，自动识别病灶组织结构、病变范围及病变性质，实施自动化程序可控性操作模式，能快速巡查定位将锁定目标进行智能化处理。治疗过程无疼痛、快速、彻底，无需住院，不影响工作。
对于肛瘘的病人可以采取手术切开的方法帮助治疗，如果病人存在管道纤维化的情况，肛瘘则可以手术切除，对于高位单纯性直瘘或有内外口的低位肛瘘，可以采用挂线疗法。忌食辛辣，少烟酒，多吃水果蔬菜，保持大便畅通，每天两次温水坐浴。
肛瘘一定要通过手术治疗，而且越早越好。不手术治疗肛瘘效果不稳定，如过食辛辣厚味，或受凉腹泻，或劳作太过等，局部的炎症就可复发，感染化脓。当闭合口较坚固时，可在原口处重新流脓，如此反复不愈。若闭合口道，如此反复，瘘管就会逐渐增多。