冲击波治疗的副作用也是比较明显的，包括局部组织的红肿，皮下出血，瘀斑，疼痛等，但绝大多数都是一过性的，治疗后1-2天就可以缓解或者消除。冲击波是非常安全，有效的治疗软组织慢性炎症，骨折延长愈合和疼痛等疾病。
冲击波治疗副作用，一般表现为肾脏的损伤。由于冲击波冲击力较大，在击碎结石的过程中，会造成肾脏实质、髓质的冲击伤，病情严重者甚至会出现肾功能不全、肾脏萎缩的表现。还有就是继发性输尿管结石和输尿管扩张。较大的肾结石，经冲击波击碎后排入输尿管内，如果发生嵌顿，会造成输尿管结石，从而引起强烈的痉挛性疼痛。输尿管结石嵌顿较紧，会造成输尿管积水、输尿管扩张，最后造成肾功能不全。
通常情况下，冲击波治疗膝盖疾病2-3天做一次为宜，具体情况分析如下：
膝关节慢性骨肌系统疾病，如果出现剧烈的疼痛，可以选择冲击波进行治疗，震波的频率通常为半个小时，间隔2-3次。
冲击波治疗后需要休息30分钟，对于骨肌系统疾病，比如理疗、按摩、药物等，都是比较常见的，比如骨性关节炎、足底筋膜炎、跟痛症、腰骶部筋膜炎、腰肌劳损等。
冲击波对于治疗跟腱炎是没有作用的，跟腱炎说到底还是属于软组织病变，治疗关键是修复受损的软组织，消除毛细血管及经络肿的血瘀，使经络气血运行畅达，不过治疗方法很多。
冲击波治疗对早期的股骨头坏死有作用，分析如下；
股骨头坏死的情况分为1、2、3、4期，1和2属于早期阶段症状较轻，股骨头的可能出现了硬化或是囊性变。如果采用冲击波治疗，可以将患者股骨头内的硬化骨质都震碎，可以促进患者股骨头周围的输血血管给股骨头供血，使股骨头内的缺血情况得到有效的改善。但是如果是3和4期，则是起不到太大的效果。
是有效果的，是采用坐位，一般采用放射式冲击波治疗机，按冲击能量由低到高微调，每次冲击2000～3000次，每次治疗间隔5d到7d，治疗3～5次为一疗程，在冲击波治疗以后，一定要注意休息，治疗以后疼痛得到缓解方能再次做治疗。