激光碎石是对肾脏危害最小的手术方式。碎石包括体外碎石和体内碎石，激光的穿透度有限，在碎石过程中，除了对局部非常近的组织有热辐射以外，没有其它的损伤，碎石比较安全。
会，震波碎石是指体外冲击波碎石术，是在体外利用超声波将结石震碎。由于结石与肾脏的密度不同，超声波遇到结石后就会释放能量将结石碎开。理论上体外冲击波碎石是精准碎石，对肾脏损害很小。但由于体外碎石机质量参差不齐，质量较差的碎石机做不到精准碎石，会对肾脏产生损害。
体外碎石的危害是可能导致永久性肾单位损失，并可导致一系列长期的不良反应，主要表现为肾实质损伤及包膜下血肿，肾盂破裂，肾单位永久性损失弥漫性纤维化瘢痕，完全性肾乳头坏死，甚至不可逆的急性肾功能衰竭。
碎石对于肾也是存在有一定的创伤，但相对比手术创伤会小的很多，激光碎石只要方法运用得当，掌握得当，不会对肾造成多大的伤害，如果对于体积较大较复杂的结石，可能需要多次治疗后，肾会有一定的损伤。
震波碎石对肾脏的危害比较小，但也有一定的危害，所以震波碎石不能够连续进行。若是要进行第二次震波碎石，需要间隔一个星期，另外，要使用进口的设备来做震波碎石，进口的设备相比国产的设备技术要先进一些，相对于对肾脏的损害也会小一些。