甲状舌管囊肿的治疗方法不做手术不行，要做手术切除囊肿或者瘘管儿，而且应该彻底，否则容易复发，手术除囊肿和瘘管外，应将舌骨中份一并切除，若仅切除囊肿或瘘管，由于舌骨中可能存在微细的副管，而从而导致复发。
甲状舌管囊肿等，必须避免被传染，如反应分泌物，必须及时打扫干净，避免发生感染的状况，甲状舌管囊肿等，或建议尽早手术，特别是无感染时，此时囊肿和周边的分界比较明显，易于完整切除。
一旦发现囊肿内部存在脓液或积液时，需要立即进行清创处理，以免形成瘢痕而影响美观。甲状舌管囊肿等，又称甲状舌管痘，此种情况下的个别儿童，会并发情况，当出现感染以后，需积极的抗感染治疗，等感染得到控制后2~三月，然后再做手术。这样就能有效地防止再发。
由于感染期，囊肿和周围组织的界限不清，难以彻底取出，易导致手术后反复发作等问题，还有甲状舌管囊肿，切忌用手重复刺激，术前可对肿物完善超声检查明确诊断。再是对患者进行心理疏导，让其放松紧张情绪。
甲状舌管囊肿能做微创手术。甲状舌管囊肿主要是触及肿块，其次较大是可以导致疼痛及压迫所致进食梗咽等感觉不太舒适，彩超检查是可以明确诊断，确诊后主要是采取手术，目前的情况手术后可能多少残留疤痕的。
甲状舌管囊肿又称舌甲囊肿，是一种囊性占位性病变，在胚胎发育过程中残留的甲状腺舌管上皮分泌物聚集而成，是一种比较少见的囊性占位性病变，好发于十岁以下的儿童，也可见于成年人，ct表现为颈前部至舌盲孔道的任何一处圆形囊性肿块，多于舌骨周围及舌骨下区。囊内液体囊壁较薄，周围分界较清楚，合并感染的囊壁增厚，增强后囊壁强化明显，需要鉴别诊断1、三点囊肿，一般位于颈部一侧胸锁乳突肌内侧，颈部大血管外侧，颈部的皮样囊肿表现为类圆形低密度影。
甲舌囊肿的手术不是小手术，而是非常复杂的手术方式。
甲状舌管囊肿是先天性疾病，由于颈部受到刺激而引起囊肿包块。症状主要表现为下颌下方、颈部前正中部位有包块，包块可随着伸舌头、吞咽动作而活动，容易触摸到圆形囊状包块。颈部无痛性包块可无明显诱因，常位于颈部正中，多数位于甲状软骨与舌骨之间，随吞咽而上下活动。甲舌囊肿继发感染后会出现局部肿胀、疼痛等症状，需要进行抗感染治疗，多数甲舌囊肿需要手术治疗。
甲状舌管囊肿做手术后2周左右可以出院，甲状舌管囊肿术后的饮食，没有特殊的要求，跟普通的手术是一样的。要求我们患者进食清淡的，比较软的易消化的高蛋白的一个饮食，来促进伤口愈合。