低分子肝素钙主要作用于预防和治疗静脉血栓，特别是预防和治疗静脉血栓。
低分子肝素钙一般通过皮下注射，可以与人体血液中的抗凝血酶Ⅲ结合，形成复合物，这能增强患者的凝血酶选择性结合的能力，同时还能抑制凝血酶。如果是用来预防血栓形成，可以每天使用一次低分子肝素钙；如果是治疗血栓引起的，则需要每天使用两次。
肝素在体内外均有抗凝血的作用。肝素是一种抗凝剂，是两种多糖交替连接而成的多聚体。临床上主要用于血栓性疾病的治疗，如血栓、血栓栓塞性疾病、心肌梗死、心血管手术、心脏导管检查、体外循环血液透析等。
具有抗纤维增生和软化瘢痕的作用。主要用于肥厚性瘢痕、手术、外伤、烧伤产生的影响肢体活动比较大的瘢痕，使用方法为每天使用3-4次，涂上药以后要用手按摩促进药物吸收到皮肤内，因为药物的作用不是特别强。
在孕期有些孕妇皮下注射达肝素钠，原因包括如下几种。如果孕妇确定存在风湿免疫系统疾病，例如抗核抗体阳性或存在系统性红斑狼疮，需要使用达肝素钠抗凝治疗，改善胎盘以及脐带血流，促进胎儿生长发育。如果通过抽血化验，提示孕妇血液处于高凝状态，需要使用达肝素钠进行抗凝治疗。
怀孕期间打肝素主要是预防血栓性的疾病，因为血栓性疾病也是导致流产的一个高危因素，在孕早期使用肝素是具有保胎作用的，药物不会影响宝宝的发育，但是要动态的复查凝血功能和二聚体。
肝素钠针主要用于预防和治疗血栓性和栓塞性疾病，如心肌梗塞、脑血栓、血栓性静脉炎、肺栓塞等。它还可用于治疗各种原因引起的弥漫性血管内凝血，也可用于手术过程中某些血样或仪器的抗凝治疗。